新疆地域辽阔，其中山区和沙漠约占三分之二。这些区域面积广大、地形复杂、气候多变、环境恶劣、人迹罕至。为了确保第三次全国文物普查实地调查的到达率和覆盖率，由国家博物馆、中国科学院遥感应用研究所、中国社科院考古所、新疆自治区文物局、新疆文物考古研究所等单位组成的特殊区域文物普查队，利用先进的遥感技术，结合实地的考古调查，截至2009年12月初，已完成南北疆特殊区域的文物普查工作，总行程近32500公里，共调查不可移动文物800余处，取得了显著成绩。

该项工作自2009年6月开始，首先以Google Earth为基础，运用遥感考古的方法，结合专门的卫星影像进行遥感影像的判读，提取疑似文物点；随后依据已有的文物普查资料，结合地理环境、交通、人文环境、文物类型等因素，对疑似文物点进行抽样确认，并以GPS对这些点的大地坐标进行定位导航，从而找到该点在地理环境中的实地位置。最后普查队按照文物普查登录要求，对这些点进行实地数据采集。

该项工作通过遥感技术和野外田野调查的相互配合，弥补了常规普查无法全面覆盖特殊区域的不足。经过南北疆山区、沙漠区域的实地验证，说明遥感技术作为一种新的手段，在特殊区域的文物考古工作中将大有用武之地。遥感技术参与新疆地区的文物普查工作，特别是通过在海拔3600米以上的帕米尔高原和塔克拉玛干沙漠地区的实践，也为遥感技术在此类特殊环境区域的广泛应用积累了经验，为其他地区开展遥感考古工作奠定了基础。